キノコは動かずに生えているが、進化の系統では植物よりも動物と近い。
キノコやカビ、酵母が属する菌類は、動物と比較的近い共通祖先を持つ。一方、植物は別の系統に属する。菌類は植物のように光合成で糖をつくるのではなく、周囲の有機物を酵素で分解し、できた栄養を吸収する。
細胞壁にも違いがある。植物ではセルロースが主要な材料なのに対し、菌類ではキチンなどが重要になる。キノコを『光合成をしない植物』と捉えるより、独立した生物の大きなグループとして考える方が正確だ。
菌類は光合成で養分をつくるのではなく、周囲の有機物を分解して吸収する。動かないという見た目の共通点だけで植物に分類すると、進化的なつながりを見誤る。
食べるキノコは菌類の体全体ではなく、胞子を散布するために現れる子実体である場合が多い。地中や倒木の内部には菌糸が広がっている。